Happesuse peamiseks allikaks on taimsete ja loomsete jäänuste lagunemisel moodustunud orgaanilised happed ja süsihape.

Happelises mullas suur osa orgaanilisest ainest mineraliseerub ja väiksem osa humifitseerub.

Nõrgalt happelises mullas on humifitseerumise % suurem. Mulla orgaanilise aine kvaliteeti näitab humifitseerumise aste ja humiinhapete ja fulvohapete suhe mullas. Põhja- Eesti karbonaatsed mullad on humaatsed, Lõuna- ja Kagu-Eesti happelised mullad on fulvaatsed.

Happeid ilmub mulda ka mitmesuguste keemiliste reaktsioonide tulemusel. Tähtsamad on vees lahustuvad huumushapped, eeskätt fulvohapped. Fulvohapped lagundavad alumosilikaate, kust vabanev alumiinium läheb mulla neelavasse kompleksi. H ja Al põhjustavad mulla tahke faasi hapendumist.

Mulla hapestumine on pidev protsess, mida põhjustavad:
• mulla „läbipesemine" - Ca ja Mg väljauhtumine, nende asemele jäävad H ioonid
• happevihmad
• füsioloogiliselt hapude väetiste kasutamine

Füsioloogiliselt hapu väetis on näiteks KCl. K kasutatakse taime poolt, Cl jääb mulda, ühineb H-ga ja tekib soolhape, mis muudab mulla happelisemaks.